目前，對基因表達調控的研究主要是以基因及其調控元件的線性關系為基礎，然而，基因不僅僅以簡單的線性形式存在，越來越多的證據表明染色質空間互作在基因表達調節(jié)方面也起重要作用，即基因的表達調控存在三維空間網絡，基因表達可被遠程調控元件所調控。染色質的空間結構,也即染色質的三維高級結構與功能，是表觀遺傳學的一個新興的重要研究領域。

Hi-C（High-throughput chromosome conformation capture）是染色質構象捕獲結合高通量測序衍生的一種技術，實現了全基因組范圍內的染色體片段間相互作用的捕獲。Hi-C互作主要是將空間結構鄰近的DNA片段進行交聯，并富集交聯的DNA片段，然后進行高通量測序，對測序數據進行分析即可揭示染色體片段間的交互作用，闡述染色體三維構象，廣泛應用于腫瘤/疾病發(fā)生發(fā)展機制、分化發(fā)育機制、畸變機制等研究。

A compartments：常染色質，松散染色質狀態(tài)、高基因密度、轉錄活躍區(qū)域，富集轉錄活性相關的表觀遺傳標記（例如H3K4me3）。
B compartments：異染色質，壓縮染色質狀態(tài)、低基因密度區(qū)域、轉錄抑制區(qū)域，富集無轉錄活性的表觀遺傳標記（例如H3K27me3）。

TAD是一段具有折疊結構的DNA序列，其內部的互作頻率顯著高于毗鄰區(qū)域之間。TAD邊界有明顯的界限，內部是一個獨立的調控單元，內部的基因存在協同表達特征。

loop是指通過CTCF等蛋白質介導形成的遠距離互作DNA片段而錨定形成環(huán)狀結構，loop錨定位點中常富含啟動子、增強子、沉默子等調控元件。